10 Petua tentang Bekerja dengan Pakej di R - dummies

Salah satu ciri R yang sangat menarik ialah ia mengandungi koleksi besar pakej pihak ketiga (koleksi fungsi dalam format yang jelas). Untuk mendapatkan yang terbaik daripada R, anda perlu memahami di mana untuk mencari pakej tambahan, bagaimana untuk memuat turun dan memasangnya, dan cara menggunakannya.

Poking di sekitar sudut dan crannies CRAN

Rangkaian Arkib Komprehensif RR (CRAN) adalah rangkaian pelayan web di seluruh dunia di mana anda boleh mencari kod sumber R, manual dan dokumentasi R, dan menyumbang pakej.

CRAN bukan satu laman web tunggal; ia adalah koleksi pelayan web, masing-masing dengan salinan identiti semua maklumat mengenai CRAN. Oleh itu, setiap pelayan web dipanggil cermin. Ideanya ialah anda memilih cermin yang terletak berhampiran dengan tempat anda, yang mengurangkan lalu lintas Internet atau jarak jauh Internet. Anda boleh mencari senarai cermin CRAN di sini.

Terlepas dari antaramuka R yang anda gunakan, anda boleh menyimpan cermin CRAN pilihan anda (dan tetapan lain) secara kekal dalam fail khas yang dipanggil. RProfile, yang terletak di direktori rumah pengguna atau direktori startup R. Sebagai contoh, untuk menetapkan Imperial College, cermin UK sebagai cermin lalai CRAN anda, masukkan baris ini di dalam anda. RProfile:

pilihan ("repos" = c (CRAN = " // cran. Ma imperial. Uk /"))

2015, terdapat lebih daripada 6,000 pakej pada CRAN. Itu bermakna mencari pakej untuk tugas anda di tangan mungkin kelihatan sukar.

Untungnya, segelintir pakar sukarela telah mengumpulkan beberapa pakej yang paling banyak digunakan dalam senarai curated. Senarai ini dipanggil pandangan tugas CRAN. Anda boleh mencari pandangan tugas untuk kewangan empirik, genetik statistik, pembelajaran mesin, pembelajaran statistik, dan banyak topik menarik lainnya.

Setiap pakej mempunyai laman web sendiri pada CRAN. Di laman web untuk pakej, anda dapati ringkasan, maklumat mengenai pakej yang digunakan, pautan ke laman web pakej (jika ada laman web tersebut), dan maklumat berguna lain.

Memasang pakej

Untuk memasang pakej menggunakan pemasangan. pakej () fungsi. Perintah ini mudah memuat turun pakej dari repositori tertentu (secara lalai, CRAN) dan memasangnya pada mesin anda: >> pasang. pakej ("kekayaan")

Perhatikan bahawa hujah untuk dipasang. pakej () ialah rentetan aksara. Dengan kata lain, ingat petikan di sekitar nama pakej!

Dalam RGui, dan juga dalam RStudio, anda mencari arahan menu untuk melakukan perkara yang sama:

Dalam RGui, pilih Paket → Pasang pakej.

Dalam RStudio, pilih Alat → Pasang pakej …

Memuatkan pakej
Untuk memuatkan pakej, anda menggunakan fungsi perpustakaan () atau memerlukan (). Fungsi-fungsi ini sama dengan kesannya, tetapi ia berbeza dalam nilai pulangan:

library ()

Tidak dapat dilihat kembali senarai pakej yang dilampirkan, atau dihentikan dengan ralat jika paket tidak berada mesin anda. memerlukan () :
Mengembalikan TRUE jika pakej telah berjaya dilampirkan dan FALSE jika tidak.
Dokumentasi R menunjukkan bahawa perpustakaan () adalah cara pilihan untuk memuatkan pakej dalam skrip, sementara memerlukan () lebih disukai dalam fungsi dan pakej.
Oleh itu, selepas memasang kekayaan pakej anda memuat seperti ini: >> library ("fortunes")

Perhatikan bahawa anda tidak perlu memetik nama pakej dalam argumen perpustakaan (), tetapi amalan yang baik untuk sentiasa memetik nama pakej.

Walaupun mungkin untuk membongkar pakej dalam sesi R dengan menggunakan fungsi putus (), dalam amalan biasanya lebih mudah untuk memulakan semula sesi R anda.

Membaca manual pakej dan vignette

Manual pakej adalah koleksi semua fungsi dan dokumentasi pakej lain. Anda boleh mengakses manual dengan dua cara. Cara pertama ialah menggunakan hujah bantuan untuk fungsi perpustakaan ():

>> pustaka (help = "fortunes")

Cara kedua ialah mencari manual di laman web pakej. Jika anda menunjuk tetingkap penyemak imbas anda ke halaman CRAN untuk pakej nasib, anda akan melihat pautan ke manual ke bahagian bawah halaman.

Sebarang pendekatan yang anda pilih, hasilnya adalah dokumen PDF yang mengandungi manual pakej.

Sesetengah pakej penulis juga menulis satu atau lebih

vignettes,

dokumen yang menggambarkan bagaimana menggunakan pakej tersebut. Vignette biasanya menunjukkan beberapa contoh cara menggunakan fungsi dan bagaimana untuk memulakannya. Perkara utama adalah bahawa vignette menggambarkan bagaimana menggunakan pakej dengan kod R dan keluaran, seperti buku ini.

Untuk membaca vignet untuk pakej kekayaan, cuba yang berikut: >> vignette ("fortunes")

Memperbaharui pakej Untuk memastikan bahawa anda mempunyai versi terkini pakej, gunakan pembaruan. pakej (): >> kemas kini. pakej () Fungsi ini menyambung kepada CRAN (secara lalai) dan memeriksa sama ada terdapat kemas kini untuk semua pakej yang telah anda pasang pada mesin anda. Jika ada, ia meminta anda sama ada anda ingin mengemas kini setiap pakej, dan kemudian memuat turun kod dan memasang versi baru.

Jika anda menambah kemas kini. pakej (ask = FALSE), R mengemas kini semua pakej yang sudah ada di lokasi pustaka semasa, tanpa mendorong anda. Juga, anda boleh memberitahu kemas kini. pakej () untuk melihat repositori selain CRAN dengan mengubah hujah repos. Jika hujah repos menunjuk pada fail pada mesin anda (atau rangkaian), R memasang pakej dari fail ini.

Kedua RGui dan RStudio mempunyai pilihan menu yang membolehkan anda mengemas kini pakej:

Di RGui, pilih Pakej → Kemas kini pakej.

Di RStudio, pilih Alat → Semak Kemas Kini Pakej …

Kedua-dua aplikasi membenarkan anda memilih pakej untuk dikemas kini secara grafik.

Memajukan ke hadapan dengan R-Forge

Meskipun tidak benar secara sejagat, pakej pada CRAN cenderung mempunyai tahap kematangan minimum.

Jadi, di mana pakej hidup yang berada dalam kitaran pembangunan? Sering kali, mereka tinggal di R-Forge. R-Forge memberikan pemaju satu platform untuk membangun dan menguji pakej R mereka. Sebagai contoh, R-Forge menawarkan

Sistem pembina dan periksa pada sistem operasi Windows dan Linux (Mac OSX tidak disokong)

Kawalan versi

Sistem laporan bug

Cadangan dan pentadbiran

Untuk memasang projek dari R-Forge, anda juga menggunakan pemasangan. pakej () fungsi, tetapi anda perlu menentukan hujah repos. Sebagai contoh, untuk memasang versi pembangunan data pakej. jadual, cuba yang berikut:

>> pasang. pakej ("data table", repos = " // R-Forge R-project org")

Walaupun R-Forge tidak mempunyai sistem pembangun dan periksa untuk Mac OSX secara khusus, pengguna Mac boleh memasang dan menggunakan pakej dari R-Forge dengan memasang pakej sumber. Anda mencari lebih banyak maklumat dalam FAQ untuk Mac.
Mendapatkan pakej dari github
Dalam beberapa tahun kebelakangan ini, banyak pemaju telah mula menggunakan github sebagai tapak pembangunan kod. Walaupun github tidak menawarkan ciri R-spesifik CRAN atau R-Forge, kadangkala kod lebih mudah dikongsi dengan menggunakan github. Jadi, anda kadang-kadang boleh mendapatkan arahan untuk memasang pakej secara langsung dari github.

Pada sistem operasi Linux dan Mac OSX, memasang pakej dari github adalah agak mudah. Walau bagaimanapun, pada Windows anda juga mesti terlebih dahulu memasang RTools (satu set penyusun dan alat lain untuk membina pakej dari sumber). Untuk memasang RTools pada mesin Windows, teliti ikuti arahan.

Melaksanakan pemasangan dari BioConductor

BioConductor adalah repositori pakej dan perisian R, koleksi alat yang mengkhusus dalam analisis data genomik dan yang berkaitan.

BioConductor mempunyai peraturan sendiri untuk pemaju. Sebagai contoh, untuk memasang pakej dari BioConductor, anda perlu mengeluarkan skrip dari pelayannya: >> sumber (" // bioconductor org / biocLite.R")

Kemudian anda boleh menggunakan biocLite () berfungsi untuk memasang pakej daripada BioConductor. Jika anda tidak membekalkan hujah, anda hanya perlu memasang pakej asas yang diperlukan dari projek BioConductor.

BioConductor secara meluas menggunakan pengaturcaraan orientasi objek dengan kelas S4. Manual Pengguna

Membaca manual R

Manual "Pemasangan dan Pentadbiran" adalah panduan komprehensif untuk pemasangan dan pentadbiran R. Bab 6 manual ini mengandungi semua maklumat yang anda perlukan untuk bekerja dengan pakej.